קווי התפר שבין משטר המס שלפי חוק מיסוי מקרקעין לבין משטר המס של פקודת מס הכנסה אינם הדוקים דיים ופסק הדין שניתן לאחרונה יוכיח כמה קל ליפול בין הכסאות.
במסגרת ע"מ 1209/07 נדון מקרה של חברה שביצעה שתי עסקאות במקרקעין.
במסגרת העסקה הראשונה ביקשה החברה להכיר לה במס שבח בהוצאה בסך 4,000,000 ₪ בגין דמי ניהול ששילמה לחברת האם. במסגרת הסכם פשרה שנחתם בין החברה לבין משרד מיסוי מקרקעין הותרה לחברה הוצאה בסך של 1,800,000 ₪ בלבד. לטענת החברה, מנהל מס שבח לא הסכים להתיר את מלוא סכום ההוצאה שכן טען כי חלקו מהווה דמי ניהול המשולמים בגין פעילות שוטפת. לפיכך, בדוחותיה למס הכנסה ביקשה החברה להתיר לה את יתרת ההוצאה, בסך של 2,200,000 ₪ כהוצאה פירותית. פקיד השומה סירב להכיר בהוצאה ועמדתו התקבלה ע"י בית המשפט, שקבע כי החברה כלל לא היתה חייבת בתשלום דמי ניהול שוטפים ומכל מקום, העובדה שההוצאה לא הותרה בניכוי מהשבח אינה מחייבת את המסקנה שיש להתיר את ההוצאה במס הכנסה.
במסגרת העסקה השניה שביצעה החברה, ביקשה היא לנכות מהכנסותיה השוטפות הוצאות ששולמו לחברת האם כדמי ניהול בקשר עם הנכס הנמכר. בית המשפט קבע כי הוצאות אלה אינן הוצאות שוטפות כי אם הוצאות בגין רכישת ומכירת המקרקעין ולכן אין מקום להתירן כהוצאה פירותית. בית המשפט סירב לדון בטענת החברה, לפיה זכאית היתה לנכות הוצאה זו במס שבח, זאת מאחר והחברה בחרה שלא לתבוע את ניכוי ההוצאה במס שבח.
תוצאת פסק הדין קשה. פסק הדין זונח את עקרון "המהות הכלכלית " ועיקרון מיסוי הרווח הכלכלי האמיתי שנצמח לנישום ובוחר בגישה פורמליסטית ודווקנית בה הנישום "נענש" על שבחר להגיע להסדר פשרה עם הרשויות. פסק הדין אף מנוגד לאמרה של בית המשפט העליון בפסה"ד בעניין סלון מרכזי (ע"א 8138/06) שקבע כי "נראה כי ראוי יהיה אם רשויות המס ישאפו להימנע מהתוצאה הקשה של אי ניכוי בכלל. "
האם לחברה יש דרך להתמודד עם מסקנתו הקשה של פסק הדין? בכל הנוגע לעסקה הראשונה ספק אם ניתן לעשות דבר מה. הסכם פשרה קובע בד"כ שכל צד מוותר על טענותיו ולמעשה כל צד "קונה סיכון" כך שהסכם הפשרה אמור לסיים את כל ההליכים בין הצדדים. יתכן ולחברה עומדות טענות מתחום החוזים בדבר "טעות" בכריתת חוזה אולם אין ספק כי מזומן לה מאבק מול הרשות בניסיון לטעון טענות מעין אלו.
גם בכל הנוגע לעסקה שניה מצבה של החברה בעייתי: המקרקעין נמכרו בשנת 2004 כך שנראה ששומת מס השבח בקשר עם המכירה יצאה אי שם בשנת 2005. מאחר וחלפו למעלה מ 4 שנים מיום הוצאת השומה סביר להניח שמנהל מס שבח ידחה בקשה לתיקון השומה על יסוד קביעת בית המשפט. האפשרות היחידה הינה לבקש את הארכת המועד להגשת הבקשה מכח סמכותו הכללית של המנהל להארכת מועדים לפי סעיף 107 לחוק. עמדת הרשות שוללת באופן חד משמעי את האפשרות להאריך את המועד להגשת בקשות לתיקון שומה מכח סעיף 107 אולם הפסיקה נענתה בעבר במקרים מסויימים לבקשה זו והעניין נותר בצריך עיון בבית המשפט העליון (פסה"ד בעניין כספי).