בעת מכירת דירת מגורים בעלת זכויות בניה בלתי מנוצלות הפטור ממס שבח הינו בד"כ חלקי בלבד, תוך שמבוצע פיצול בין החלק הפטור והחלק החייב.
פיצול אחד, הינו פיצול אופקי ("פיזי"), במקרים בהם מדובר בחצר גדולה במיוחד, כאשר ניתן לפצל בין הבית והחצר המשרתת אותו באופן סביר, לבין יתרת החצר שתיחשב כנגד נפרד.
הפיצול הנפוץ יותר, הינו פיצול אנכי (או "רעיוני") הקבוע בסעיף 49ז לחוק מיסוי מקרקעין, הקובע שהפטור יוענק עד כפל שווי הדירה ללא זכויות בניה נוספות, ובלבד שסכום זה אינו עולה על תקרת פטור, העומדת נכון להיום על סכום של 1,935,000 ₪. יתרת השווי תיחשב כמכירה של זכות אחרת שאינה במסגרת הפטור.
בחינת השלכות המס במקרים מעין אלה רלוונטית בשורה ארוכה של מקרים, לרבות בעסקאות תמ"א 38/2, שבהן לעיתים לא כדאי לנצל את הפטור הייחודי שנחקק במסגרת תיקון 74 לחוק מיסוי מקרקעין (בתוקף מ – 1.1.2013), שהינו פטור חלקי בלבד. הסוגיה מערבת שאלות משפטיות ושמאיות גם יחד, ובמקרים רבים רצוי לקבל חוו"ד שמאית ביחס לשווי הזכויות הנוספות, ככל שקיימות (השיטה המקובלת הינה ככלל שיטת ההשוואה לנכס דומה ללא זכויות בניה נוספות). נצביע להלן על מספר נקודות בהקשר זה העשויות לחסוך מס בלתי מבוטל.
ראשית, בייחוד ביחס לנכסים יקרים במיוחד, יש לשקול ניצול זכויות הבניה קודם לביצוע המכירה, על מנת להיות זכאים לפטור מלא. הניצול יכול להיעשות באמצעות בניה זולה יחסית, והכל כמובן תוך שקילת העלויות כנגד חיסכון המס שהוא עשוי להניב.
שנית, גם כשקיימות זכויות לא מנוצלות ייתכן שלא יחול מס, אם וככל שיוכח שתמורת המכירה לא הושפעה מקיומן של זכויות אלה. כך הוא המצב אם ניתן להצביע על כך שניצול זכויות הבניה אינו כלכלי, לדוגמה הניצול יחייב חפירת חניון תת קרקעי או עלויות שימור או חיזוק שאינן כדאיות ביחס לשווי הנכס, או לחילופין, כשמדובר בנכס חדש ברמת גימור גבוהה ותוך ניצול יעיל של השטח.
שלישית, רשות המיסים הכירה בכך שזכויות בנייה נוספות, בלתי מנוצלות, ששיעורן אינו עולה על 10% משטח דירת המגורים הבנויה או על שווי של 100,000 ש"ח, לפי הנמוך שביניהם, לא ייחשבו כמשפיעות על תמורת המכירה לעניין סעיף 49ז. האמור נקבע בהוראת ביצוע עוד משנת 1998 ולכן סביר לטעון כי לכל הפחות יש להתאים את הסכום שנקבע מאז ועד היום.
קיימות דרכים למזעור המס גם במישור ייחוס ההוצאות, אך על כך ברשימה נפרדת.