לאחרונה ניתן ע"י ועדת הערר שליד בית המשפטי המחוזי בחיפה פסק דין מרתק העוסק בשאלת היחס בין החלטת מיסוי בהסכם (רולינג) לבין אפשרות הנישום להעלות טענות שאינו חייב במס. בפסק הדין, שניתן בעניינה של מגדל חברה לביטוח (ו"ע 723-05-10), היו הנסיבות כדלהלן.
בשנת 2006 בוצע מיזוג של חברת המגן לחברת מגדל. החברות פנו לקבלת אישור מראש של רשות המיסים והתקבלה החלטת מיסוי בהסכם, לפיה בגין זכויות במקרקעין וזכויות באיגוד מקרקעין שפורטו ברישמה ויעברו למגדל במיזוג ישולם מס רכישה בשיעור 0.5%. ברשימת הזכויות האמורות נכללו גם זכויות בבנייני קיריית הממשלה בבאר שבע ובחיפה. באוגוסט 2007 פנתה מגדל למנהל מיסוי מקרקעין וטענה כי יש לבטל את שומת מס הרכישה, מאחר שהזכויות בבנייני קיריית הממשלה אינן זכות במקרקעין. זאת, כיוון שעל אף שזכות החכירה שניתנה לחברת המגן היתה ל – 49 שנה, הרי שלמדינה עמדה הזכות לקצר את תקופת החכירה ולרכוש את הבניינים, והיא אכן עשתה שימוש בזכותה זו (עוד בחודש אוקטובר 2006). כתוצאה מכך, זכויות החכירה היו בפועל לתקופה של פחות מ – 25 שנה ולא היוו זכות במקרקעין. טענת מגדל נדחתה ע"י מנהל מיסוי מקרקעין (לרבות בהשגה), בטענה שלא ניתן לסטות באופן חד צדדי מהחלטת מיסוי בהסכם, ועל כך הגישה מגדל, שיוצגה ע"י עו"ד מאיר מזרחי, ערר.
המנהל טען כי לועדה כלל אין סמכות לדון בנושא, וביסס את טענתו על הוראות סעיף 103ט(ה) לפקודת מס הכנסה הקובעות כי על החלטת המנהל בבקשה לאישור תכנית מיזוג אין ערעור, וכן על הוראות סעיף 158ג(ה) הקובעות כי על החלטת מיסוי בהסכם לא יהיה ערעור.
ועדת הערר דחתה טענות אלה, וקיבלה את טענות חברת מגדל, כי בסמכותה לדון בנושא. נימוקי פסק הדין הינם הן במישור הדיוני (העלאת הטענה ע"י המנהל בשלב מאוחר מדי), והן (וכאן עיקר החשיבות) במישור המהותי. פסק הדין בוחן את השאלה לאור דיני החוזים, וקובע כי הצדדים לא דנו ברשימת הנכסים ובשאלה אם הינם מהווים זכות במקרקעין אם לאו, אלא אך ורק בשיעור המס שיחול עליהם. הרשימה אינה חלק מההסכמות החוזיות אלא נתון עובדתי, שבו נפלה טעות, ועל כן ניתן להעלות טענה שיש לתקנה. הוראות הפקודה עליהן הסתמך המנהל, אינן מונעות כל הליך של השגה וערעור, וכפי שרשאי היה המנהל להעלות טענה ביחס לשווי שונה, שעליה ניתן היה לחלוק, הוא הדין אף לעניין זכותה של מגדל. לבסוף, מציין בית המשפט כי קבלת עמדת המנהל עלולה להביא למצב שבו רק בשל החלטת מיסוי ייאלץ נישום לשאת בתשלום מס אף כי אינו חייב בו. משמעות הדברים הינה הטלת מס שלא כדין ועל כן יש מקום לאפשר למגדל מסגרת משפטית לשכנע בדבר אי חוקיות המס. קביעה זו של ועדת הערר, מחזקת ומחדדת את עקרון תשלום מס אמת כעקרון על במסגרת דיני המס. אף שפסק הדין ניתן בשאלת הסמכות בלבד, וטרם הוכרעה טענת היעדר החבות במס לגופה, דומה כי בעקבות פסיקת ביה"מ העליון שניתנה השנה בעניין בזק (ע"א 10846/06) במסגרתה נקבע החזר מס רכישה במקרה של אי מימוש אופציה, גבוהים סיכוייה של מגדל לזכות גם בטענה לגופה.